MPC-816のJ1にはプログラム用CH0とユーザー用CH1の2ポート入っています。
下記は配線による分離例です。
中継コネクタにはD-SUBコネクタを用いるとバンダ付・固定・抜き差しが容易になります。

 MPC-816 J1          中継コネクタ
      TX0 2 >──────> 2 >──────> 2 RXD
      RX0 3 >──────> 3 >──────> 3 TXD
ch0   SG  4 >──────> 4 >──────> 5 SG
      MAN 5 >──────> 5 >┐　　　　┌> 4 DTR   プログラム用PC
      P6  6 >──────> 6 >┘　　　　└> 6 DSR
             　　　　　　     　　　　　┌> 7 RTS
             　　　　　　     　　　　　└> 8 CTS

      TX1 8 >──────────────> 2 RXD
ch1   RX1 9 >──────────────> 3 TXD
      SG  7 >──────────────> 5 SG
             　　　　　　　　　　　　　┌> 4 DTR    外部PC
             　　　　　　　　　　　　　└> 6 DSR
             　　　　　　　　　　　　　┌> 7 RTS
             　　　　　　　　　　　　　└> 8 CTS

写真はUSB-RS2を2個使った例です。どちらもショートピンは出荷時設定です。

 MPC-816 J1        MILタイププラグ(10ピン)
      SG  1 >──────> 1
      TX0 2 >──────> 2   ------------
CH0   RX0 3 >──────> 3  |  USB-RS2   | → FTMW
      MAN 5 >──────> 5   ------------
      P6  6 >──────> 6  
       

      SG  7 >──────> 1   ------------
CH1   TX1 8 >──────> 2  |  USB-RS2   | → ユーザーアプリケーション
      RX1 9 >──────> 3   ------------


※この例ではUSB-RS2側のプラグに電線を直接ハンダ付けしていますが、
　ユニバーサル基板等での実装を推奨します。
※ロック付きプラグや圧接タイププラグ(オムロンXG4E等)を使う場合はロックレバーの
　突起を処理してください。